Эдвард и Альфонс Элрики - братья, живущие в деревне Ризенбург (Resembool) в стране Аместрис (アメストリス Amesutorisu?). Их отец, Хоэнхайм, ушел из дома, когда Эдвард и Aльфонс были еще совсем детьми. Спустя годы, их мать, Триша Элрик, умирает от неизлечимой болезни. После ее смерти, Эдвард решает вернуть ее с помощью алхимии - передовой науки, с помощью которой один объект может быть преобразован во что-то совершенно иное. Для этого они изучают Человеческую Трансмутацию, запретное искусство, с помощью которого можно возродить умершего человека. Однако, эта попытка провалилась, приведя к потере левой ноги Эдварда и тела Альфонса. В отчаянной попытке спасти брата, Эдвард жертвует своей правой рукой, чтобы прикрепить душу Альфонса к рыцарским доспехам.После этого, Эдвард получает вместо левой ноги и правой руки пару автопротезов, современных искуственных конечностей, созданных близкими друзьями семьи Уинри Рокбелл и ее бабушкой Пинако.

Эдвард решает стать Государственным Алхимиком (国家錬金術師 Kokka Renkinjutsushi?), алхимиком, который работает на Армию Аместриса. Государственных Алхимиков отличают по их серебрянным карманным часам и уникальным званиям, присваиваемым после втупления в Государственные Алхимики. Звание Государственного Алхимика позволяет Эдварду использовать обширные ресурсы, чтобы найти способ вернуть потерянное ими, но также превращает его в "оружие" армии, или псом, известным из-за уничтожения почти всего населения Ишвара в последней Гражданской войне. Со временем братья узнают о Философском камне,по легенде позволяющим владельцу полностью обойти Закон Эквивалентного Обмена, и отправляются на его поиски как средства для восстановления своих тел. В конце концов братья узнают, что для создания Философского Камня требуются жизни людей. Они также встречают тех, кто тоже ищет Камень, делая все что возможно, даже убивая ни в чем не повинных заключенных, чтобы камень попал в их руки. На братьев нападают Гомункулы, группа человекоподобных созданий, которые несут в себе части Философского Камня, позволяющие им исцеляться от практически любого нанесенного урона. Они названы по семи смертным грехам и выступают в качестве главных злодеев в аниме.

В манге человек, называемый Гомункуламми "Отец" - создатель всех Гомункулов. Он управляет ими из тени Главнокомандующего Страны Аместрис. Изначально он был небольшим шариком теней в колбе с надписью "гомункул", созданный с кровью Хоэнхайма. Он подстрекает короля на выполнение Человеческой Трансмутации, что приводит к уничтожению страны Ксерксес(Xerxes). Как дар за помощь ему Отец сделал Хоэнхайма бессмертным, возродя его тело с помощью половины населения Ксерксеса; другую половину он использовал для создания тела для себя в подобие Хоэнхайма. Есть подозрение что Отец планирует использовать Аместрис как гигантский преобразовательный круг для создания Философского Камня, но гомункул Зависть намекает, что это еще не вся правда